I cambi dinastici o epocali era contrassegnati in Giappone dal nome della nuova capitale: il passaggio da una fase all'altra dell'esistenza, sia degli esseri umani che delle istituzioni, viene spesso esaltato nelle società tradizionali da un segno esterino tangibile del cambiamento: in Giappone si cambiava spesso nome, quando si cambiava il proprio percorso di vita. Le civiltà iniziavano un nuovo corso trasferendosi in un nuovo centro di potere..

Abbiamo così l'epoca Nara, Heian, Kamakura (inizio del dominio degli shogun) e Muromachi, (distretto di Kyoto ove risiedevano gli shogun della dinastia Ashikaga).

Dopo un lungo periodo di guerre civili nel 1603 inizia l'epoca Edô (Tokyo) che termina nel 1868 assieme all'epopea samurai.

Imperatori e shogun continuarono ad appoggiavarsi nel corso dei secoli precedenti ad  una fitta rete di daimyô (大名 grande nome) e hatamoto (旗本 alfiere), termine preferito allo scortese shomyo (piccolo nome). Particolarmente agguerriti i feudi del sud che dovevano contrastare invasioni (mongoli) e pirateria (Corea e Cina).

Nelle dimore dei daimyo una parte chiamata samurai dokoro era riservata ai saburau mono al loro servizio.

Già il primo shogun Minamoto no Yoritomo formalizza l'istituzione del samurai dokoro, un organo collegiale preposto al governo dei guerrieri del feudo (gokenin), ponendone a capo Wada Yoshimori con Kajiwara Kagetoki come secondo.

Col tempo vengono affidati ai samurai dokoro anche compiti amministrativi e di polizia, oltre che di organizzazione militare.

I samurai combattenti furono più tardi divisi in tre classi:

gli shichū che potremmo definire di prima classe,

gli yoriai di seconda classe, addestrati all'uso di armi complesse come l'arco

gli ashigaru (足軽 piedi leggeri) di terza categoria, armati di mezza armatura e lancia che costituivano come dice il loro nome dei corpi di fanteria leggera.

La classe samurai era divenuta costantemente più influente durante le numerose guerre, rivolte e tentativi di invasione dal mare che turbarono l'epoca Kamakura.

In questa epoca si afferma anche il pensiero di numerose scuole buddiste, che influenzeranno l'etica samurai.

Nei monasteri si praticano spesso le arti marziali, ed i monaci guerrieri vengono chiamati yamabushi (山臥guerrieri della montagna).

Nel successivo periodo Nanbokuchô - Muromachi (1334–1573) queste correnti di pensiero continuano ad influenzare la cultura samurai.

Il tramonto del potere imperiale e degli shogun Ashikaga origina sul finire dell'epoca Muromachi una sanguinosa guerra di successione, durata quasi 100 anni e conosciuta col nome di Sengoku jidai (epoca degli stati combattenti).

A partire dal 1573 il relativamente breve periodo in cui i contendenti alla successione shogunale si confrontano in battaglia viene chiamato Azuchi-Momoyama jidai.

I protagonisti assoluti sono tre grandi guerrieri: Oda Nobunaga, Toyotomi Hidyoshi e Tokugawa Yeyasu.

Scomparsi i primi due, Tokugawa rimarrà incostrastato dominatore del Giappone ed inizierà la nuova dinastia shogunale che da lui prende nome.

Nell'ottobre del 1600 Tokugawa Yeyasu ottiene una decisiva vittoria contro i successori di Hideyoshi nella grande battaglia di Sekigahara.

Da quella data inizia l'Edô jidai, così chiamata dal nome della nuova capitale, l'attuale Tokyo.

La residenza imperiale rimane tuttavia a Kyoto.

Questa epoca, chiamata Tokugawa jidai, viene spesso definita come pax Tokugawa.

Lo shogunato Tokugawa programma infatti una lunga serie di provvedimenti per impedire il ripetersi dei conflitti.

L'enorme numero di samurai reso necessario dalle continue guerre diviene sovrabbondante in tempo di pace.

Ne nascono complessi conflitti sociali, che solo gradualmente trovano soluzione.