Dopo il suo ritorno a casa il granaio della casa paterna venne trasformato in dojo, e fu lí che Ueshiba seguí gli insegnamenti del maestro di judo Kiyoichi Takagi e quelli del politico Kumakusu Minakata, del quale condivise l'opposizione al degrado ecologico e morale della regione in nome del progresso. Rendendosi conto che la situazione era in ogni caso destinata ad un ulteriore degrado, trattandosi di una zona montagnosa che si affacciava sul mare, materialmente povera e costretta ad affidarsi ai soli proventi della pesca artigianale, e che non si intravvedevano per lui grandi prospettive, aderí all'appello bandito dal governo giapponese per colonizzare l'isola di Hokkaido.

Si trasferí nel 1912 nel villaggio di Shirataki in Hokkaido profondendo tutte le sue energie fisiche e morali nello sviluppo della colonia. Nel 1916 un incendio distrusse quasi completamente il villaggio; durante la ricostruzione si calcola che Morihei Ueshiba abbia abbattuto da solo in un anno 500 enormi alberi. Allo stesso tempo organizzava tornei di sumo e jukendo per tenere alto il morale, praticava esercizi di purificazione nelle acque gelide dei torrenti, e trovava anche il tempo di lottare contro i briganti che infestavano la zona.

Fu ad Hokkaido che fece conoscenza col maestro Takeda Sokaku, della scuola Daito-Ryu, anche lui stabilitosi sull'isola. Fu indubbiamente l'esperienza che lo segnó maggiormente dal punto di vista tecnico. Seguí intensamente gli insegnamenti di Takeda, sia accompagnandolo spesso nei suoi viaggi che ospitandolo a Shirataki. Ma sul finire del 1919 la notizia di una grave malattia del padre costrinse Ueshiba a lasciare l'Hokkaido. Lasciando la sua casa a Takeda Sokaku, si mise in viaggio: non avrebbe piú rimesso piede in Hokkaido.

Lungo il tragitto venne a conoscenza della presenza ad Ayabe del mistico Onisaburo Deguchi, e deviò dal percorso stabilito per farne la conoscenza, nella speranza che potesse in qualche modo venire in soccorso del padre.

Deguchi destó in lui un'impressione incancellabile. Durante una sessione di preghiera, l'ombra di suo padre apparve a Ueshiba, che ne rimase scosso. Deguchi si diresse verso di lui chiedendogli cosa avesse. Ueshiba rispose che era preoccupato per il padre, e Deguchi gli rispose semplicemente "Tuo padre sta bene. Lascialo partire.". Il padre morí nel gennaio del 1920 a 77 anni, prima che Ueshiba riuscisse a fare ritorno a Tanabe. Gli aveva lasciato un messaggio postumo: "Sii libero, vivi come vuoi realmente". Profondamente prostrato, Ueshiba partí con la sua spada in direzione delle montagne, dove per giorni interi si aggiró solitario, combattendo contro le ombre: le sue ombre.

Al suo ritorno decise di abbandonare la casa paterna per trasferirsi nella comunità Omoto-kyo di Ayabe fondata da Onisaburo Deguchi, dove aprí un dojo divenendo definitivamente, all'età di 36 anni, un maestro di arti marziali. Durante il primo terribile anno Ueshiba perse per malattia i suoi due figli maschi (Takemori e Kuniharu) e Deguchi venne arrestato dal governo per attività sovversiva, venendo rilasciato dopo quattro mesi. Nel 1921 la nascita di un nuovo figlio, Kisshomaru Ueshiba, diede il segnale di una svolta verso tempi migliori. Ueshiba condivise da allora per diversi anni gli ideali e le avventure di Deguchi, compreso l'idealistico quanto irrealistico tentativo di fondare in Manciuria una nuova comunità universale.

Onisaburo Deguchi, accompagnato dalla sua guardia del corpo Ueshiba Morihei e da pochi altri compagni, andava alla ricerca di una nuova terra promessa in cui intendeva fondare il regno del Cielo nella Terra. Ben presto arrestati dalle truppe cinesi, condannati a morte e condotti in catene sul luogo dell'esecuzione, Deguchi e i suoi vennero misteriosamente risparmiati ed in seguito graziati ed espulsi grazie all'intevento del console giapponese, ritornando incolumi ad Ayabe. Durante la drammatica esperienza, Ueshiba aveva preso coscienza delle sue facoltà. In particolare aveva scoperto che riusciva a percepire l'intenzione dei nemici sotto forma di una pallottola spirituale che lo colpiva prima ancora che il nemico tirasse il grilletto della sua arma, e che la traiettoria reale delle pallottole gli era visibile in anticipo sotto forma di raggi di luce.

Ueshiba riprese l'insegnamento nel suo dojo di Ayabe, che ormai da tempo veniva identificato come la fucina di una nuova arte marziale differente da ogni altra, ma che veniva ancora definita aikibujutsu. Ma era evidente che qualcosa in lui era cambiato, e le domande che si affollavano alla sua mente non potevano ancora trovare una risposta. Nella primavera del 1925, era passato circa un anno dalla avventura in Manciuria, ebbe una esperienza unica che marcó la sua vita, e che pose termine alla sua ricerca.

Un ufficiale di marina venuto a fare la sua conoscenza ebbe un diverbio con lui per futili motivi, piú probabilmente fragili pretesti al loro desiderio di confrontarsi. Decisero di battersi, e l'ufficiale impugnó il suo bokken. Di nuovo Ueshiba provó la stessa esperienza che aveva avuto in Manciuria: era cosciente dei movimenti e delle intenzioni stesse del suo avversario prima ancora che si materializzassero. Fu estremamente facile per lui schivare ogni attacco senza reagire, fino al momento che l'ufficiale cadde a terra stremato, senza essere nemmeno riuscito a toccarlo una volta. Ueshiba si recó in un giardino lí vicino per rinfrescarsi e scaricare la tensione. Asciugandosi il sudore dal viso, fu preso da una sensazione mai provata fino ad allora, incapace di camminare e di sedersi, in preda ormai all'estasi. Cosí descrisse la sua esperienza:

Ebbi la sensazione che l'universo improvvisamente tremasse e che uno spirito d'oro, venendo su dalla terra avvolgesse il mio corpo e lo trasformasse in un corpo d'oro. Nello stesso tempo la mia mente ed il mio corpo divennero luminosi. Ero in grado di comprendere il cinguettío degli uccelli ed ero chiaramente cosciente della mente di Dio, il creatore di questo universo. In quel momento io fui illuminato: la fonte del Budo è l'amore di Dio; lo spirito dell'amorevole protezione di tutti gli esseri. Infinite lagrime di gioia scesero giú dalle mie guance.

Da allora mi sono sforzato di comprendere che tutta la terra è la mia casa ed il sole, la luna, le stelle, sono tutte mie proprie cose. Io mi liberai da ogni desiderio non solo di avere una posizione, fama, prosperità, ma anche di essere forte. Compresi che il Budo non è far cadere l'avversario con la forza; neppure è uno strumento per portare il mondo verso la distruzione con le armi. Il budo genuino è accettare lo spirito dell'universo, prendere la pace del mondo, parlare correttamente, proteggere e coltivare tutti gli esseri della natura. Io capii che l'esercizio del Budo è accettare l'amore di Dio che se posto nel giusto senso protegge e coltiva tutte le cose della natura, utilizzarlo ed assimilarlo nella nostra stessa mente e nel  nostro stesso corpo.