Già a partire dagli anni 30 il Fondatore si era posto il problema della trasmissione del suo messaggio. Essendo ancora un ragazzo il suo unico figlio, su consiglio del Grande Maestro Nakayama Hakudo, fondatore della scuola di spada Muso Shinden Ryu, adottó e prescelse come suo assistente ed erede il promettente kendoka Kyoshi Nakakura (1910-2000) .

Tuttavia alcuni anni dopo Nakakura rinunció, tornando alla pratica del kendo di cui divenne probabilmente il migliore esponente dell'epoca moderna. Quando gli vennero chieste le ragioni della sua rinuncia, ammise candidamente di essersi reso conto che non avrebbe mai potuto essere all'altezza del Fondatore né divenire il suo successore.

Nel 1940 il Kobukan era stato ufficialmente riconosciuto come Fondazione da parte del governo Giapponese, e vennero quindi gettate le basi per affidare il gravoso compito di diffondere integro il messaggio di  o sensei ad una organizzazione e non solamente ad una singola persona.

Sfortunatamente la guerra troncó prematuramente questo progetto. I migliori allievi del Kobukan partirono per il fronte e molti non fecero piú ritorno, il Fondatore si ritiró a vivere nell'eremo di Iwama e lo stesso dojo di Wakamatsu venne adibito a rifugio per gli sfollati.

Il giovane figlio del Fondatore, Kisshomaru Ueshiba, aveva peró ormai raggiunto una età in cui poteva iniziare ad assumere le sue responsabilità. Era ancora uno sudente di liceo quando gli venne affidata la gestione del dojo, assieme a Kisaburo Osawa. Fu lui durante gli anni bui a permetter la sopravvivenza del dojo.

Nel 1948 venne rivisto lo statuto della fondazione e fu deciso il nuovo nome di Aikikai; allo stesso tempo il Kobukan divenne Hombu Dojo, e vennero riprese in grande stile le attività di insegnamento. Da questo periodo iniziarono la loro permanenza all'Hombu Dojo come uchideshi (studenti interni) la maggior parte dei grandi maestri di aikido che conosciamo.

Nel 1955, ci fu una ennesima importante svolta nel cammino dell'Aikikai: venne organizzata sul terrazzo dei grandi magazzini Nihonbashi in Tokyo la prima manifestazione pubblica di aikido, che duró ben 5 giorni e destó enorme impressione. Fino a quel momento il Fondatore si era energicamente opposto ad ogni manifestazione pubblica ed anche i canali di accesso all'aikido erano tenuti strettamente riservati.

Ma i tempi erano definitivamente cambiati, ed il Fondatore ormai riteneva che fossero sufficientemente maturi, e maturo fosse l'aikido, per affrontare una sua diffusione a scala mondiale.

Lo stesso Fondatore intraprese nel 1961 il suo primo viaggio all'estero come insegnante di aikido, recandosi alle Hawaii dove pronunció questo discorso:

Sono venuto alle Hawaii per costruire un "ponte d'argento". fino ad ora sono rimasto in Giappone, a costruire un "ponte d'oro" per unire il Giappone, ma d'ora in avanti desidero costruire un ponte che porti i diversi paesi del mondo ad unirsi attravertso l'armonia e l'amore contenuti nell'aikido. Penso che l'aiki, al di fuori delle arti marziali, possa unire i popoli del mondo in armonia, nel vero spirito del budo, avvolgendo il mondo in un immutabile amore.

Non ci furono altri viaggi, anche se il Fondatore avrebbe desiderato ardentemente farne uno: in Italia. Sembra che arrivó un giorno a mettere sull'allarme i suoi collaboratori, avvertendoli che bisognava partire per andare a visitare la signora Onoda. Risiedeva a quei tempi in Italia infatti Haru Onoda, venuta per perfezionare i suoi studi di scultura, che era stata per diverso tempo la segretaria particolare del Fondatore. Fu lei ad introdurre per prima a Roma da dove poi si diffuse in tutta Italia l'aikido.

La grande struttura messa in piedi dal fondatore era quasi completa: molti dei suoi migliori allievi, e non ne citiamo alcuno per non correre rischi di omissione, stavano diffondendo il verbo dell'aikido per il mondo. Nel 1967 la nuova sede dell'Hombu Dojo veniva inaugurata in Wakamatsu, prendendo il posto del piccolo dojo Kobukan.

Nel 1969, alle ore 17 del 26 aprile, il Fondatore terminava la sua parabola terrena. Le sue ceneri riposano a Tanabe, la terra dei suoi avi. Trecce dei suoi capelli sono depositate nei luoghi deputati della sua vita: nel cimitero della famiglia Ueshiba ad Ayabe dove riposano i suoi primi figli, presso il Tempio dell'Aiki di Iwama, e presso il santuario di Kumano in quella terra piena di ki che gli ha dato i natali.

A noi restano la sua opera: l'aikido. E i suoi pensieri.