Nel 1925 il capitano della squadra di judo della università Waseda di Tokyo, di nome Nishimura (alcune fonti indicano invece il nome di Kubota), si recó ad Ayabe per visitare il centro Omoto-kyo di cui era un simpatizzante; venne invitato da Deguchi a fare la conoscenza dell'insegnante locale.

All'epoca era ancora viva la tradizione che "fare la conoscenza" significasse sfidarsi in un combattimento, amichevole ma senza alcuna concessione.

Nishimura vedendo Ueshiba pensava di avere già partita vinta: era un ragazzo grande e e grosso ed agonisticamente fortissimo, e si trovava di fronte un piccolo uomo in età matura e dall'aria grassoccia. Venne invece ripetutamente proiettato a terra senza aver nemmeno potuto capire cosa gli era successo. Ma quello che lo lasció di stucco fu il sorriso cordiale con cui il fondatore attendeva i suoi attacchi. Esclamó alla fine: "Un'arte marziale che ti butta a terra con un sorriso! Magnifico!!!"

Nishimura non mancó, una volta tornato  a Tokyo, di far conoscere la sua esperienza. Cominció cosí a spargersi la voce che c'era ad Ayabe uno strano maestro dalle capacità sorprendenti. Nell'autunno del 1925 l'ammiraglio Isamu Takeshita, grande promotore dello sviluppo delle arti marziali, invitó Ueshiba a Tokyo per tenere una dimostrazione della sua arte di fronte ad un pubblico ristretto e qualificato, presso l'abitazione dell'ex primo ministro Gombei Yamamoto.

L'impressione fu grande, e Ueshiba venne invitato a trattenersi a Tokyo per tenere  al palazzo imperiale di Aoyama un seminario di tre settimane, riservato ad alti gradi ed insegnanti di judo e kendo. Ripetutamente invitato a tornare, attirato dalla prospettiva che gli si schiudeva di fondare una nuova arte che avrebbe lasciato il segno nel mondo delle arti marziali, tuttavia Ueshiba si trovava di fronte ad un dilemma che gli avrebbe imposto una scelta non facile.

I circoli ufficiali - che pure lo avevano accolto molto favorevolmente e si offrivano di divenire il canale privilegiato di diffusione della sua arte - non potevano peró approvare il coinvolgimento con un gruppo in contrasto con la linea governativa. Di conseguenza Ueshiba fu consigliato dallo stesso Deguchi di prendere le distanze dalla Omoto-kyo e di dedicarsi solamente alla sua arte. Queste furono le sue parole "Lo scopo della vostra vita è di rivelare al mondo il vero significato del budo".

Nel 1927 Ueshiba lasció definitivamente Ayabe, si trasferí a Tokyo, dedicandosi nei primi anni a continue visite e ad insegnamenti itineranti in numerosi dojo. Aveva inoltre come punto di appoggio una sala concessagli dal nobile Shimazu.

Nel 1930 inizarono i lavori di preparazione di un dojo stabile in Wakamatsu, che venne inaugurato nel 1931 col nome di Kobukan. Lo sviluppo dell'aiki-budo fu impressionante, e venne arrestato solo dallo scoppio della guerra. Poco prima al Kobukan era stato riconosciuto lo statuto di fondazione alle dipendenze del Ministero della Salute Pubblica.

Ma poco dopo, in seguito all'unificazione di tutte le arti marziali in unico organismo sotto stretto controllo governativo, Ueshiba decise di abbandonare ogni carica ufficiale e di ritirarsi nella prefettura di Ibaraki, presso la città di Iwama, ove aveva acquistato man mano dei terreni. Era sua intenzione di  riprendere un contatto piú ravvicinato con le energie della natura, lontano dalla caotica vita cittadina e dai condizionamenti dovuti al tempo di guerra. In quegli anni si era iniziato ad utilizzare un nuovo termine per definire la sua arte: aikido. Ad Iwama venne costruito un tempio dedicato alllo spirito dell'aikido, l'Aiki jinja.

Al temine della guerra le arti marziali vennero ufficialmente interdette, e solamente nel 1948 venne concessa la ricostituzione della fondazione, che prese allora il nome di Aikikai, ristabilendo la sua sede in Tokyo. Negli anni che seguirono il Fondatore proseguí instancabilmente la sua opera di ricerca interiore e di diffusione dell'arte, dividendo il suo tempo tra il dojo di Tokyo, definito come Hombu Dojo, il Tempio dell'Aiki di Iwama ed il dojo che aveva costruito ad Iwama dietro insistenza di molti giovani del posto che volevano seguire il suo insegnamento. Inizià anche a viaggiare qua e là per il Giappone, ovunque fosse richiesta la sua presenza.

Rimangono di questa epoca molte testimonianze sotto forma di filmati, girati in diverse occasioni, che ci mostrano il Fondatore in una fase molto diversa da quella che possiamo ricostruire dalle testimonianze d'anteguerra. Ovviamente molto meno fisica, molto piú spirituale; ma non oseremmo dire che sia per questioni puramente anagrafiche.

Già a partire dagli anni 30 il Fondatore si era posto il problema della trasmissione del suo messaggio. Essendo ancora un ragazzo il suo unico figlio maschio Kisshomaru, su consiglio del Grande Maestro Nakayama Hakudo, considerato il rifondatore della scuola di spada Muso Shinden Ryu, adottó e prescelse come suo assistente ed erede il promettente kendoka Kyoshi Nakakura, che sposò sua figlia Matsuko ed assunse il nome di Morihiro Ueshiba.

Nakakura, che aveva all'epoca circa 23 anni ma si era già distinto come uno dei migliori uomini di spada del Giappone, alcuni anni dopo rinunció, tornando alla pratica del kendo di cui divenne probabilmente il migliore esponente dell'epoca moderna. Continuò tuttavia a frequentare l'Honbu Dojo, assieme all'amico Jun'ichi Haga che era solito darvi memorabili dimostrazioni di iaido. Scomparve nel gennaio del 2000.

Poco prima della sua morte, quando gli vennero chieste le ragioni della sua rinuncia, ammise candidamente di essersi reso conto che non avrebbe mai potuto essere all'altezza del Fondatore né divenirne degnamente il successore.